슈말칼덴 전쟁은 1546년부터 1547년까지 신성 로마 제국 내에서 발생한 군사적 갈등으로, 가톨릭 세력과 프로테스탄트 세력 간의 종교적 대립을 배경으로 한다. 이 전쟁은 주로 독일의 슈말칼덴 동맹에 포함된 프로테스탄트 국가들과 로마 가톨릭 제국의 군대 사이에서 벌어졌다. 슈말칼덴 동맹은 루터파 교리를 따르는 여러 독일의 공국과 도시들이 결속해 형성된 동맹체로, 1531년에 설립된 바 있다.

이 전쟁의 원인은 신성 로마 제국의 황제 카를 5세가 프로테스탄트 세력에 대한 억압적인 정책을 추진한 데 있다. 카를 5세는 가톨릭 교회의 권위를 유지하고자 하였으며, 이에 반발하여 프로테스탄트 연합은 무장 투쟁을 결의하게 된다. 전쟁의 첫 번째 주요 전투는 1546년에 발생한 프라우엔로이트 전투로, 프로테스탄트 연합군이 패배하였다.

전쟁은 1547년 뮌스터 전투에서의 결정적인 패배로 정점에 달하게 된다. 이 전투에서 카를 5세의 군대가 승리함으로써 프로테스탄트 세력은 큰 타격을 입었다. 전쟁 후, 프로테스탄트 동맹은 해체되었으며, 카를 5세는 그가 지배하는 지역에 대한 통제를 강화하였다.

슈말칼덴 전쟁의 결과로 신성 로마 제국 내에서의 종교 갈등은 더욱 심화되었고, 1555년 아우크스부르크 화의로 이어져서 신교와 구교의 공존을 위한 법적 기반이 마련되었다. 이 전쟁은 유럽 역사에서 종교 전쟁의 시작을 알리는 중요한 사건으로 평가된다.